La piccola chiesa è ubicata su un lato del giardino all’italiana.
Fu fondata nel 1566 da Alamanno dei Pazzi e terminata nel 1583 dal figlio Girolamo.
Nel 1728 l’oratorio fu dedicato a Santa Maria Maddalena dei Pazzi in seguito alla sua canonizzazione avvenuta nel 1669.
La Santa infatti da piccola aveva trascorso lunghi soggiorni nella villa Pazzi al Parugiano e proprio qui, secondo la tradizione, si era manifestata la sua prima estasi.
Santa Maria Maddalena dei Pazzi fu una delle sante che più profondamente influenzò la sensibilità religiosa della Firenze del Seicento, e fu annoverata tra i più importanti santi cittadini.
Ancora oggi, ogni anno nel giorno della sua morte, il 25 maggio viene celebrata la Santa Messa in suo onore nella chiesa della villa.